Письмом ФНС России от 05.02.2016 N ЗН-4-1/1711 «О расчете пени за несвоевременную уплату авансовых платежей по налогу при УСН, если налог исчислен в меньшей сумме, чем авансовые платежи» разъяснено следующее.

Согласно абзацу второму п. 3 ст. 58 НК РФ в случае уплаты авансовых платежей в более поздние по сравнению с установленными законодательством о налогах и сборах сроки на сумму несвоевременно уплаченных авансовых платежей начисляются пени в порядке, предусмотренном ст. 75 НК РФ.

Если налог по итогам налогового периода исчислен в меньшей сумме, чем ранее исчисленные авансовые платежи в течение или по итогам отчетных периодов, то для соразмерного уменьшения пеней необходимо сначала произвести перерасчет авансовых платежей соразмерно сумме налога за налоговый период и расчет пеней происходит в автоматизированном режиме на пересчитанную сумму авансовых платежей.

При этом особенностей в механизме расчета пеней применительно к конкретному налогу нет. Пеня будет начислена в порядке, предусмотренном ст. 75 НК РФ, на пересчитанную сумму авансовых платежей. Пример: ИП представил декларацию по УСН за 2018 год, на основании которой авансовые платежи начислены в общей сумме 44802 руб., в т.ч.:за 1 квартал в сумме 21659 руб., за 2 квартал в сумме 12780 руб., за 3 квартал в сумме 10363 руб., при этом по итогам налогового периода 2018 года сумма налога с учетом уменьшения на уплаченные страховые взносы составила 31075 руб., в связи с чем, в КРСБ по сроку 03.05.2019 начислено к уменьшению (-) 13727 рублей.

ИФНС сначала должна пересчитать ранее начисленные авансовые платежи:

1)     . Сторно (со знаком минус) в КРСБ по срокам:

25.04.2018 в сумме 21659 руб.,

25.07.2018 в сумме 12780 руб.,

25.10.2018 в сумме 10363 руб.

2)      . Процентное отношение суммы налога к сумме авансовых платежей: 69,36% (31075/44802*100%).

3)     . Начисление авансовых платежей в КРСБ в общей сумме 31075 руб., в т.ч.: по сроку 25.04.2018 в сумме 15023 руб. (21659 руб. *69,36%),

по сроку 257.07.2018 в сумме 8864 (12780 руб. *69,36%), по сроку 25.10.2018 в сумме 7188 руб. (10363 руб. *69,36%).

4)      . Перерасчет пени производится в автоматизированном режиме.