Для ответа на поставленный вопрос сначала оценим:

1. Последствия реализации земельного участка ИП на УСН «доходы»

п. 1 ст. 2 ГК РФ  под предпринимательской деятельностью понимается самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг лицами, зарегистрированными в этом качестве в установленном законом порядке.
п. 1 ст. 346.15 НК РФ ИП, применяющие УСН, при определении объекта налогообложения учитывают доходы, определяемые в порядке, установленном п 1 ст 248 НК РФ, соответственно, доходы от реализации определяются в порядке, установленном ст. 249 НК РФ.
п.1 ст.346.20 НК РФ если объектом налогообложения являются доходы, налоговая ставка устанавливается в размере 6 % (Законами субъектов РФ  могут быть установлены налоговые ставки в пределах от 1 до 6 % и 0% для вновь зарегистрированных на первые 2 года)
п.3.1 ст.346.21 НК РФ ИП, на  УСН «доходы»  без работников, уменьшают сумму налога на уплаченные страховые взносы на обязательное пенсионное страхование и на обязательное медицинское страхование в размере п.1 ст.430 НК РФ (поэтому в расчетах мы пренебрежем Страховыми взносами ИП за себя, т.к. их размер будет уменьшать размер налога по УСН и совокупная сумма платежей в бюджет не превысит исчисленный УСН по ставке 6%).
 

2. Последствия реализации земельного участка физ.лицом

 
п. 1 ст.130 ГК РФ – земельные участки относятся к недвижимому имуществу
 
п. 1, п.2 и п. 4 ст.217.1 НК РФ – если земельный участок в собственности более 5 лет, то физическое лицо освобождается от налогообложения и декларирования его продажи.
 
п.1 и п.3 ст.228 НК РФ, п. 4 ст.217.1, п.1 ст.224 НК РФ – если земельный участок в собственности менее 5 лет, то физическое лицо обязано сдать Декларацию 3-НДФЛ,  исчислить НДФЛ по ставке 13% и уплатить его в бюджет. 
 
п. 4 ст.217.1 и п. 3 ст. 210, п.2 ст. 220 НК РФ - сумму дохода, с которой исчисляется НДФЛ, можно уменьшить на имущественный вычет в размере не более 1 млн руб. или на сумму расходов на приобретение земельного участка .
 
п. 7 ст. 220 НК РФ  - чтобы воспользоваться правом на уменьшение дохода от продажи земельного участка, нужно подать налоговую декларацию З-НДФЛ по окончании года, в котором получен такой
п. 5, пп. 2 п. 6 ст. 217.1 НК РФ; ч. 3 ст. 4 Закона N 382-ФЗ - Если земельный участок приобретен после 01.01.2016, и у него есть кадастровая стоимость, то доход от его продажи в целях налогообложения определяется как Кадастровая стоимость участка на 1 января года, в котором зарегистрирован переход права собственности на него, умножается на понижающий коэффициент 0,7. Полученная величина, если она больше суммы дохода от продажи земельного участка по договору, учитывается при исчислении НДФЛ. Если кадастровая стоимость земельного участка на указанную дату не определена, НДФЛ облагается доход, указанный в договоре купли-продажи
 
Произведем экономический расчет, для понимания различий в налогообложении, при допущении, что куплю- продажу земельного участка физ.лицо планирует осуществить в 2018г.

 
Вывод:

1. Если физическое лицо в статусе ИП на «УСН» доходы реализовало земельный участок, при этом:

   1. при регистрации заявил вид деятельности - продажа (сдача в аренду) земельных участков;

   2. земельные участки приобретаются ИП в целях осуществления предпринимательской деятельности (например, для перепродажи или сдачи в аренду);

   3. систематически занимается предпринимательской деятельностью в области продажи или сдачи в аренду земельных участков (т.е. имеет место более 2 аналогичных сделок);

   4. участок, планируемый к продаже с высоким уровнем прибыли, приобретен после получения статуса ИП,

имеет низкий уровень риска переквалификации сделки при одновременном соблюдении всех вышеперечисленных факторов.

2. В иных случаях существует высокий риск переквалификации сделки в реализацию земельного участка физическим лицом со следующими негативными последствиями:

• начисление НДФЛ по ставке 13% от стоимости продажи (кадастровой стоимости*0,7) без учета вычета (так как он предоставляется на основании декларации, т.е. доначисление НДФЛ составит 2 080 000 руб. (при этом уплаченные  в статусе ИП страховые взносы и УСН не будут уменьшать эту сумму).

• начисление пени исходя из ставки рефинансирования  ст.75 НК РФ

• п. 1 ст 119 НК РФ – штраф за непредставление в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации 3-НДФЛ влечет взыскание штрафа в размере 5 % от не уплаченной в установленный срок суммы налога, за каждый месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30%.

• ст. 198 УК РФ – привлечение к уголовной ответственности.

3)Принимая во внимание вышесказанное, налогоплательщику следует должную осмотрительность  к квалификации своего статуса: ИП или физическое лицо для правильной квалификации сделки и ее последствий.