В письме Министерство Финансов  от 7 июня 2018 г. N СА-4-7/11051@ в связи со сложившейся судебной практикой  дает разъяснение «..выездные налоговые проверки являются самостоятельной формой налогового контроля, и независимо от выводов, содержащихся в ранее принятых налоговым органом решениях по результатам камеральных налоговых проверок, в том числе выводов об обоснованности возмещения налога на прибыль, по итогам выездной налоговой проверки налогоплательщику может быть вменена недоимка по налогу»

Данная позиция отражена в постановлении Президиума ВАС РФ от 31.01.2012 N 12207 в котором указано, что «…выездная налоговая проверка предусматривает более широкие полномочия налогового органа по контролю, выраженные в порядке проведения, условиях, а также объеме подлежащих проверке документов.»

При этом из Определения Конституционного Суда РФ от 20.12.2016 N 2672-О следует, что акт и решение по камеральной налоговой проверке не являются разъяснениями по вопросам применения законодательства о налогах и сборах, в связи с чем наличие решения по результатам камеральной налоговой проверки не исключает привлечение налогоплательщика к ответственности и уплату им пени за несвоевременное исполнение обязательств по уплате налогов, установленное в ходе выездной налоговой проверки.

Выявленные в ходе выездной налоговой проверки суммы налога на прибыль, безосновательно возмещенные налогоплательщику, признаются недоимкой со дня фактического получения им денежных средств (абз. 4 п. 8 ст. 101 НК РФ). Сумму недоимки налогоплательщик должен возвратить (уплатить) в бюджет.

В арбитражной практике не сложилось единого подхода по рассматриваемому вопросу. Ряд судей считают, что сумма налога, необоснованно возвращенная налогоплательщику, признается недоимкой, соответственно, взыскание налоговых санкций по ст. 122 Налогового кодекса РФ признается обоснованным. Вместе с тем в судебной практике встречается мнение, согласно которому задолженность по уплате налога в результате ошибочного возврата  налоговым органом не влечет применение ответственности по ст. 122 НК РФ.

ФАС Волго-Вятского округа в Постановлении от 14.07.2014 по делу N А17-4028/2013 пришел к выводу о наличии у налогового органа оснований для привлечения налогоплательщика к ответственности, так как неправомерное занижение налогоплательщиком в уточненных декларациях налоговых баз по налогу на прибыль и НДС повлекло изъятие соответствующих денежных средств из бюджета и, как следствие, возникновение соответствующей недоимки, что равносильно последствиям, наступающим в результате неуплаты или неполной уплаты сумм налога либо уплаты налога в более поздние по сравнению с установленными законодательством о налогах и сборах сроки

В то же время в Постановлении Седьмого арбитражного апелляционного суда от 13.04.2015 N 07АП-541/2015 по делу N А02-1801/2014 судьи отклонили доводы инспекции о том, что представление обществом отчетности, содержащей ошибки, свидетельствует о наличии вины общества и образует состав налогового правонарушения, предусмотренного п. 1 ст. 122 НК РФ. Как указал суд, обязанность по возврату в адрес налогоплательщика излишне уплаченных сумм налога возникает у инспекции не с момента представления декларации, а с момента принятия соответствующего решения о возврате. Положениями ст. 122 НК РФ не предусмотрена ответственность за необоснованный возврат налога. Действия налогоплательщика не образуют состава налогового правонарушения, предусмотренного ст. 122 НК РФ. Поскольку общество отразило соответствующую сумму налога в налоговой декларации, принятой без возражений уполномоченным на контроль органом, при этом излишне уплаченная сумма налога впоследствии возвращена в адрес плательщика, оснований для привлечения общества к налоговой ответственности, предусмотренной п. 1 ст. 122 НК РФ, у налогового органа не имелось ввиду отсутствия вины общества в совершении вменяемого правонарушения

Для уменьшения штрафа по ст.122 НК РФ необходимо  подать ходатайство в налоговую инспекцию:

В качестве фактов, смягчающих вину, можно указать:

совершение правонарушения впервые;

неумышленность действий;

то, что организация является добросовестным налогоплательщиком;

отсутствие умысла на совершение правонарушения, и т.п.

Согласно п. 3 ст. 114 НК РФ, если есть хотя бы одно смягчающее обстоятельство, наказание должно быть уменьшено не менее чем в 2 раза по сравнению с первоначальным размером. Одновременно с этим, в п. 16 постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 № 57 указано, что в пункте 3 статьи 114 НК РФ установлен лишь минимальный предел снижения санкции. Суд по результатам оценки обстоятельств вправе уменьшить размер взыскания более чем в два раза и даже сделать его ниже минимального размера (письма Минфина России от 16.05.2012 № 03-02-08/47, от 30.01.2012 № 03-02-08/7).
 

Учитывая выше изложенное, считаем:

Сумма возвращенного налога, так как  возврат признан впоследствии необоснованным, является недоимкой.

Привлечение организации к налоговой ответственности в виде пени  правомерно.

Привлечение организации к налоговой ответственности в виде штрафа  по ст.122 НК  возможно смягчить ходатайством в налоговую инспекцию либо обращением в суд.