На основании п. 1 ст. 146 НК РФ объектом обложения по НДС признается реализация товаров (работ, услуг) на территории РФ. Для целей главы 21 НК РФ аренда признается услугой (пп. 1 п. 1 ст. 148 НК РФ). Таким образом, операция по оказанию услуг по предоставлению в аренду имущества облагается НДС.
В соответствии с п. 2 ст. 346.11 НК РФ организации, применяющие УСН, не признаются плательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате при ввозе товаров на территорию РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, а также НДС, уплачиваемого в соответствии со ст. 174.1 НК РФ.
Вместе с тем согласно п. 5 ст. 346.11 НК РФ организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов, предусмотренных НК РФ.
Согласно п. 1 ст. 24 НК РФ налоговыми агентами признаются лица, на которых в соответствии с НК РФ возложены обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению налогов в бюджетную систему РФ.
Пунктом 3 ст. 161 НК РФ установлено, что при предоставлении на территории РФ органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов РФ и муниципального имущества налоговая база определяется как сумма арендной платы с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждому арендованному объекту имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
Согласно п. 1 ст. 34 Федерального закона от 06.10.2003 N 131-ФЗ "Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации" структуру органов местного самоуправления, в частности, составляют представительный орган муниципального образования, глава муниципального образования, местная администрация (исполнительно-распорядительный орган муниципального образования).
Таким образом, в рассматриваемой ситуации организация-арендатор, применяющая УСН, признается налоговым агентом по НДС. Следовательно, она обязана удерживать НДС с арендной платы, выплачиваемой арендодателю, и перечислять его в бюджет (письма Минфина России от 13.05.2009 N 03-07-11/135, УФНС по г. Москве от 04.10.2005 N 09-14/70162, от 26.08.2005 N 19-11/60622).
Согласно п. 5 ст. 174 НК РФ налоговые агенты обязаны представлять в налоговые органы декларацию по НДС в срок не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом.
Если организация применяет УСН с объектом налогообложения "доходы, уменьшенные на величину расходов", то в соответствии с пп. 8 п. 1 ст. 346.16 НК РФ она вправе учесть в составе расходов сумму перечисленного в бюджет НДС, в том числе и суммы НДС, с арендной платы. При этом согласно п. 2 ст. 346.17 НК РФ указанные расходы могут быть признаны только после их фактической уплаты, то есть только после того, как НДС будет перечислен в бюджет.
Вывод: организация, применяющая УСН и арендующая объект муниципального имущества, является налоговым агентом по НДС, следовательно, обязана исчислять, удерживать сумму данного налога из арендных платежей, выплачиваемых арендодателю, и перечислять ее в бюджет. Кроме того, организация обязана ежеквартально предоставлять в налоговый орган декларации по НДС. Уплаченная сумма может быть зачтена в расходы при УСН «Доходы-Расходы» и, таким образом, снизить единый налог УСН.
