При целевом займе заемщик обязан обеспечить возможность осуществления займодавцем контроля за целевым использованием займа (ст. 814 ГК РФ).
Исполнение обязательств по договору займа может быть обеспечено залогом, т.е. за неисполнение обязательств по договору займа, кредитор (залогодержатель) имеет право получить удовлетворение из стоимости предмета залога (п.1 ст. 334 ГК РФ). При этом залогодателем может быть, как сам должник, так и третье лицо (п.1 ст. 335 ГК РФ). В этом случае между залогодателем, должником и залогодержателем применяются правила, которые регулируются статьями 364 - 36 ГК РФ.
Организация должник находится на общей системе налогообложения и в соответствии с п.1 ст. 143 НК РФ является плательщиком НДС. Услуга за предоставление предмета залога является реализацией у залогодателя (п. 1 ст 146 НК РФ) и не входит в перечень необлагаемых НДС операций (ст. 149 НК РФ).
Право на уменьшение налога на добавленную стоимость на налоговый вычет определены в ст. 171 НК РФ. Поэтому при наличии счет-фактуры, оформленной с учетом требований, указанных в Постановлении Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137, НДС принять к вычету можно. Дата выставления счет-фактуры должна быть не позднее 5 дней с момента оказания услуги (п.3 ст. 168 НК РФ).
Так же по данному вопросу существует судебная практика. Суд поддержал позицию налогоплательщика, поскольку заемные средства носят целевой характер и используются в операциях, облагаемых НДС, поэтому операция по выплате вознаграждения за пользование предметом залога так же относится на операции, облагаемые НДС и сумму налога может принять к вычету.
Вывод: Организация – должник может принять сумму НДС к вычету с вознаграждения за предмет залога, поскольку услуга используется в облагаемых НДС операциях.