Согласно ч. 6 ст. 136 ТК РФ заработная плата выплачивается не реже чем каждые полмесяца. Конкретная дата выплаты заработной платы устанавливается правилами внутреннего трудового распорядка, коллективным договором или трудовым договором не позднее 15 календарных дней со дня окончания периода, за который она начислена.

В силу п. 2 ст. 223 НК РФ при получении дохода в виде оплаты труда датой фактического получения налогоплательщиком такого дохода признается последний день месяца, за который ему был начислен доход за выполненные трудовые обязанности в соответствии с трудовым договором (контрактом)..

До истечения месяца доход в виде оплаты труда не может считаться полученным налогоплательщиком. Соответственно, до окончания месяца налог не может быть исчислен. Таким образом, до истечения месяца нельзя определить полученный доход в виде оплаты труда за месяц и исчислить налог, подлежащий удержанию и перечислению в бюджет, при выплате заработной платы за первую половину месяца. Именно такой вывод сделан в Постановлении Президиума ВАС РФ от 07.02.2012 N 11709/11. Поэтому НДФЛ с заработной платы нужно удерживать и перечислять в бюджет один раз при окончательном расчете дохода сотрудника по итогам отработанного месяца. Так, в письме Минфина РФ от 22.07.2015 N 03-04-06/42063 сказано следующее: В последний день месяца, за который налогоплательщику был начислен доход в виде оплаты труда, налоговым агентом производится исчисление сумм налога. До истечения месяца доход в виде оплаты труда не может считаться полученным налогоплательщиком. Соответственно, до окончания месяца налог не может быть исчислен. ...Удержание у налогоплательщика исчисленной по окончании месяца суммы налога производится налоговым агентом из доходов только при их фактической выплате после окончания месяца, за который эта сумма налога была исчислена. Перечисление налога на доходы физических лиц налоговым агентом в авансовом порядке, то есть до даты фактического получения налогоплательщиком дохода, не допускается.

При определении размера выплаты заработной платы за полмесяца следует учитывать фактически отработанное сотрудником время (фактически выполненную им работу) письмо Минфина от 3 февраля 2016 г. N 14-1/10/В-660

Таким образом учитывая из вышеизложенного следует :

НДФЛ с аванса не исчисляется и не перечисляется в бюджет.

Обращаем Ваше внимание ,что аванс выписанный работнику в размере 40 % будет являться нарушением трудового законодательства.