Для определения порядка отражения банковской гарантии в налоговом учете рассмотрим имеющиеся законодательные нормы:
Общие:
ст.368 ГК РФ – понятие Независимая банковская гарантия
п. 1 ст. 252 НК РФ - расходы по приобретению банковской гарантии можно учесть при расчете налога на прибыль, если они обоснованы и документально подтверждены.
 
пп. 25 п. 1 ст. 264 НК РФ, п. 8 ч. 1 ст. 5 Закона о банках и банковской деятельности - т.к. банковская гарантия является условием заключения госконтракта, то понесенные на нее затраты являются экономически обоснованными и учитываются в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией, как затраты на услуги банков.
По периоду отражения:
Дата признания расходов на банковскую гарантию зависит от выбранного метода признания доходов и расходов:

• при методе начисления

пп. 3 п. 7 ст. 272 НК РФ - датой признания расходов на банковскую гарантию, которые включены в состав прочих или внереализационных расходов, как правило, является день ее выдачи.
п. 1 ст. 272 НК РФ  - но! если банковская гарантия действует в течение нескольких отчетных (налоговых) периодов, то затраты на нее нужно учитывать в составе расходов равномерно в течение срока, на который эта гарантия выдана (аналогичная позиция изложена в  Письме Минфина России от 01.12.2014 N 03-03-06/1/61180).

• при кассовом методе

п. 3 ст. 273 НК РФ дата признания затрат - это день оплаты банковской гарантии.
По отражению в составе прямых и косвенных расходов:
Состав прямых и косвенных расходов зависит от того, связаны они с производственной или торговой деятельностью.
 
Согласно п. 1 ст. 318, ст. 320 НК РФ конкретный перечень прямых расходов определяется исходя из условий деятельности предприятия и закрепляется в учетной политике.
Независимая банковская гарантия не поименована в рекомендуемом перечне прямых расходов ни в ст.318 НК РФ (для производственных предприятий), ни в ст. 320 НК РФ (для торговых предприятий).
Однако, по своему экономическому смыслу банковская гарантия может быть учена в составе прямых затрат, т.к. затраты на нее могут быть соотнесены с конкретной продукцией (контрактом), если данный факт будет закреплен в учетной политике.
п. 1 ст. 318 и 320 НК РФ - косвенными являются все расходы, которые не отнесены к прямым и которые не являются внереализационными.
В п.2 ст.318 и в ст. 320 указано, что  сумма косвенных расходов на производство и реализацию, осуществленных в отчетном (налоговом) периоде, в полном объеме относится к расходам текущего отчетного (налогового) периода, с учетом требований, предусмотренных Кодексом.
Вывод:

1. Т.к. банковская гарантия является условием заключения договора, то затраты на нее являются экономически обоснованными и уменьшают налогооблагаемую базу Налога на прибыль.

2. Отнесение расходов на банковскую гарантию к прямым расходам может быть предусмотрено учетной политикой, в ином случае – это косвенные расходы.

3. При этом, если банковская гарантия действует в течение нескольких отчетных (налоговых) периодов, то затраты на нее нужно учитывать в составе расходов равномерно в течение срока, на который эта гарантия выдана.