Необходимость восстановления "входного" НДС обязательно нужно учитывать при принятии решения о смене режима налогообложения. Ведь сумма к восстановлению (особенно по основным средствам) может оказаться настолько большой, что ее уплата в бюджет сведет на нет выигрыш от экономии на налогах, которую дает применение "упрощенки".

В качестве способа, позволяющего избежать восстановления НДС, обычно предлагается проведение реорганизации юридического лица (разумеется, это относится к случаям, когда сумма НДС к восстановлению значительна).

Согласно п. 8 ст. 162.1 НК РФ при передаче правопреемнику (правопреемникам) товаров (работ, услуг, имущественных прав), в том числе основных средств и нематериальных активов, реорганизованная организация не должна восстанавливать и уплачивать в бюджет суммы "входного" НДС, относящиеся к этим товарам (работам, услугам, имущественным правам.

Таким образом, если в процессе реорганизации вновь создаваемому юридическому лицу будет передано по передаточному акту, например, недоамортизированное основное средство, то обязанности восстановить НДС по нему у реорганизованного юридического лица не возникнет. Это неоднократно подтверждалось и представителями Минфина России (см. Письма от 04.08.2006 N 03-04-11/135 и от 07.08.2006 N 03-04-11/135), и судебной практикой (см. Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 19.02.2007 N А33-8478/06-Ф02-375/07).

Как следует из пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ, обязанность по восстановлению НДС при переходе на "упрощенку" возлагается только на того налогоплательщика, который ранее принял соответствующие суммы НДС к вычету. Таким образом, новое юридическое лицо, образованное в результате реорганизации и получившее основные средства по передаточному акту, НДС восстанавливать не должно, поскольку никакими вычетами оно не пользовалось.

В итоге НДС по данному основному средству не восстанавливает никто: ни реорганизованная организация, передавшая его вновь созданной компании, ни новая компания, перешедшая на УСН. И все это на вполне законных основаниях.

Отметим, что, на наш взгляд, форма реорганизации на самом деле не имеет никакого значения. Ведь речь идет об исполнении тех обязанностей по уплате налогов (пеней, штрафов), которые действительно возникли в период существования реорганизованного впоследствии налогоплательщика, но по каким-либо причинам им исполнены не были.

При проведении реорганизации (независимо от формы) следует также помнить два следующих момента.

Во-первых, остаточная стоимость передаваемых вновь создаваемому юридическому лицу объектов основных средств и нематериальных активов, определяемая по данным бухучета, не должна превышать 100 млн руб. - в противном случае оно не сможет применять "упрощенку" (пп. 16 п. 3 ст. 346.12 НК РФ)

Во-вторых, учитывая сегодняшние веяния, здесь не исключен налоговый спор на предмет получения налогоплательщиком необоснованной налоговой выгоды.

То есть налоговый орган может попытаться доказать, что вся цепочка действий (реорганизация, передача имущества, переход на УСН) была совершена налогоплательщиком не в рамках обычной хозяйственной деятельности, а с одной-единственной целью - избежать исполнения установленной НК РФ обязанности по восстановлению НДС при переходе на "упрощенку". Если налоговики в этом преуспеют, то налогоплательщику придется заплатить налоги исходя из той экономической ситуации, которая будет признана соответствующей реальности (в т.ч. восстановить НДС) (п. 7 Постановления Пленума ВАС РФ от 12.10.2006 N 53 "Об оценке арбитражными судами обоснованности получения налогоплательщиком налоговой выгоды").

Соответственно, реорганизация должна быть проведена максимально достоверно, чтобы не вызвать у налогового органа подозрений в ее формальности.